Bioinformática

1. Prospecção de novos herbicidas: in silico, in vitro, in vivo

A base desta linha de pesquisa é a prospecção de compostos químicos potencialmente herbicidas por meio de ferramentas da bioinformática e da bioquímica. Para isso são efetuadas análises in sílico (identificação da sequência de aminoácidos das enzimas alvo, modelagem molecular por homologia, virtual screening e simulações de Dinâmica Molecular), in vitro (cinética enzimática sob ação dos supostos herbicidas) e in vivo (efeitos dos compostos prospectados sobre plantas cultivadas e daninhas).

2. Modelagem molecular de proteínas e prospecção de inibidores enzimáticos

Devido ao fato de não serem encontradas em animais algumas vias metabólicas são alvos importantes para o desenvolvimento de herbicidas. A via do chiquimato é uma delas, para a qual já existe um herbicida amplamente utilizado no controle de plantas indesejáveis, o glifosato. Neste contexto, realizamos a modelagem e a prospecção de inibidores de enzimas da via do chiquimato (e outras vias), para as quais ainda não há herbicidas sintéticos desenvolvidos. Depois da prospecção e aquisição, testes dos inibidores in vitro e in vivo são realizados. Para os experimentos in vitro, a extração de enzima é primeiramente realizada e então sua atividade é determinada na presença dos inibidores selecionados. Para os ensaios in vivo, as plantas são cultivadas em meio hidropônico na presença do inibidor. Em seguida, parâmetros biométricos são determinados para avaliar o potencial herbicida dos inibidores.